目前對原發(fā)性三叉神經痛的病因仍不清楚，有以下幾種學說：

(l)血管壓迫學說：有學者認為，80%的原發(fā)性三叉神經痛有動脈壓迫三叉神經。也有人提出，由于頸內動脈管的骨頂被薄層結締組織所代替，造成半月神經節(jié)腹面與搏動的動脈長期密切接觸使其受壓而產生三叉神經痛。

(2)機械壓迫學說：有學者提出，三叉神經是由于三叉神經根受到巖骨嵴的壓迫所致。有人發(fā)現，三叉神經痛多發(fā)生于絕經期后的女性，可能因其骨質疏松，顱骨脫鈣，逐步發(fā)生顱底陷入。而顱底陷人是導致三叉神經痛的主要因素。

(3)缺血學說：因三叉神經痛多見50歲以上的中老年人，且易合并動脈粥樣硬化及腦缺血。故有人提出，三叉神經痛系三叉神經節(jié)的神經細胞因反復發(fā)作性缺血而致。

(4)中樞病原學說：有學者把三叉神經痛解釋為丘腦癥候群，類似癲癇發(fā)作。病灶并不在三叉神經根、半月神經節(jié)或周圍支上，而是由于丘腦—皮層機能障礙和脊髓三叉神經核團異常引起的。

(5)其他學說：有人認為三叉神經痛是病灶性或病毒感染所致，故提出感染學說;還有人提出因大多數患者胃酸減低，蛋白質消化不良，產生組織胺或類組織胺物質(蛋白際等)，使三叉神經過敏性水腫而致三叉神經痛的變態(tài)反應學說。此外，還有人認為三叉神經痛有家族性傾向，推測與遺傳有一定關系。